Melyek a kedvenc terülteteitek biológiában?

Akkor lenne egy kérdésem...

Legalább 100 modern publikációt olvastam, és szinte mindegyikben kivétel nélkül volt modellezés, komolyabb statisztika és analízis pipeline illetve kvantitatív képalkotás.

Ebből következően két féle biológust ismertem meg a kutatói világban...

A középszerű biológust, aki bár precízen megcsinálja a méréseket, kísérletet... de hatalmas és redundáns Excel táblázatokba pötyög be adatokat naphosszat, kézzel számolgat sejteket valamilyen gagyi programban, és egyből rohan az informatikusokhoz, ha elromlik egy más által megírt program. Nyilván belőlük tömeg van, a munkájuk bármikor kiváltható, nélkülözhető.

A másik típus aki az adatok mögé lát, meglátja az összefüggést és modellez. Az aki nem hajlandó "kézzel" egy fél óránál többet szívni semmivel, inkább fejleszt rá egy automatikus analízis pipeline-t. Eleve több TB adatnál már cseszheted a kézi analízist. Márpedig a műszerek egyre inkább fejlődnek, a biológiai képalkotás főleg. Illetve ha bárhol elakad akkor könnyen át tud alakítani egy open source közösség által írt kutatói kódot.

Na utóbbi munkája viszont nélkülözhetetlen, és sajnos a kutatócsoportok nem is tudják megfizetni. Az ilyen biológusok hamar egy high-tech MIT laborban találják magukat, mert akkora a kereslet. (5 labor után ismerek azért pár embert, sajnos nehéz megtartani Mo-n az ilyen agyakat)

Egyszóval nem követelmény, de előny! Nem is csodálom, az összes biológus kutató ismerősöm rohamtempóban kezdett programozni tanulni...

Ja és még annyi, hogy a tisztán programozókat meg szinte biztos hogy elcsábítják egy félmilliós fizetéssel... és gyakori probléma, hogy vagy utálják a biológiát, irtóznak tőle (vér, baci, vírus stb), vagy nincs idejük a kísérletekre/ nincs affinitásuk rá.

Ezáltal gyakran agyament, totálisan kocka szemmel próbálnak hozzáadni valamit a publikációhoz/fejlesztéshez mondjuk. A biológia pedig túl komplex... ha nem látod az egész képet, nem érted az alapvető biológiai működést, akkor esélytelen hogy valódi kutatói munkát végezz. Mindenkit oda kell ültetni a mérés és kísérlet elé, különben nem fogja érteni mit csinál, még ha profi senior programozó is.

"Legalább 100 modern publikációt olvastam, és szinte mindegyikben kivétel nélkül volt modellezés, komolyabb statisztika és analízis pipeline illetve kvantitatív képalkotás."

Az én bsc-s szakdogámban is, meg mindenki máséba is benne van a sablon szöveg az anyagok és módszereknél, amit te nagy statisztikai számításnak tartasz, hogy

az eredményeket Student-féle t-tesztet felhasználva állapítottuk meg, ahol a kapott eredmények P≤ 0,05 (*), 0,01 (**), vagy 0,001 (***) valószínűségi szinteken különböznek egymástól szignifikánsan, de közbe csak excelbe ráraktunk egy szórást a diagramra azt csókolom. Ezek a kötelező szövegek a tudományos cikkeknél.

És nem, a gagyi biológusnak nem kell hatalmas és redundáns Excel táblázatokba pötyög be adatokat naphosszat, kézzel számolgat sejteket valamilyen gagyi programban. Ez nem az a munkakör. Sőt, informatikushoz sem rohangálunk, max. felhívom telefonon mikor bekrepál a vállalatirányi rendszerünk, hogy nézzen már rá. De van ismerősöm, aki franciaországban dolgozik gyógyszergyártó cégnél, ő sem tud programozni.

Nagyon el vagy tájolódva a szakirányok között.

Újfent félreértesz... én magasszintű kutatásról beszélek, nem biotechnológiáról és iparról! Te idekeverted szándékosan az ipart.

Egy klasszikus ipari biotech/mikrobio stb állás... mennyiben kreatív, mennyiben van köze a természettudományhoz?

Lehet jobban keresel mint egy kutató, de sokan a biológia és a természet megismerése miatt végezték el a szakot, nem azért hogy egy gyár mintáiból tenyésszenek e.colit, vagy termeltessenek valami fehérje alapú gyógyszert a big pharmában.Lehet R&D, de akkor sem tudományos kutatás és a természet megismerése.

A kutatás, grantből, állami pénzből alap vagy alkalmazott tudomány teljesen más téma. Eleve ha PhD-zel akkor publikációs követelményed van. Ha később pályázatokat adsz be, OTKA, NKFI, NAP, ERC stb... oda pedig kemény impakt faktor követelmény van.. óriási a verseny!

Amiről én beszélek az tudományos publikáció... az nem egy gagyi BSc-s szakdolgozat, amit egy takarítónő is össze tud lapátolni.

Márpedig nézz meg nagyobb lapokat, Nature, Cell, Science... Ezekről van itt szó, ahová egy sikeres labor publikál. Ott nem lehet leközölni semmit ha csak összeöntesz két kémcsövet mey plottolsz pár adatot. Olvass el pár komolyabb tanulmányt és megérted miről beszélek. Brutál kemény adattudomány van mögötte.

Nem arról, aki 8 évig szüttyög a PhD-n közmunkás béren és nagynehezen összekaparja a publikációs követelményt, valami zs kategóriás Orvosi Hetilapból...

20:14 Itt te nem értesz engem. Én nem mentem kutatónak, mert nem érdekel ez a pálya, laborvezetőként dolgozom.

mikrobio stb állás... mennyiben kreatív, mennyiben van köze a természettudományhoz?

Erre nem is reagálok, mert nem kezdek bele meddő vitába, ilyen tudatlannal mint te nem is állok le ilyneről vitatkozni (mellesleg megsúgom, hogy a legjobban fejlődő terület a prediktív mikrobiológia, na ahhoz kell programozni, de ez nem a biológus dolga, de persze ez nem természettudomány állításod szerint, talán bölcsésztudomány?)

De mint mondtam, rengeteg volt szaktársam van, akik a barátaim, és akivel napi szinten tartom a kapcsolatot, és akik nem azon a szinten mozognak, amit te mármikor is megértesz úgy, hogy közöd sincs a biológiához. Olvastam én elég publikációt míg megírtam a szakdolgozatomat és a diplomadolgozatomat, de köszönöm az ötletet, egyetemi accountom révén még ma is hozzáférek ezekhez az oldalakhoz.

Te lehet lenézed az én munkám, mert nem mentem kutatónak, sokkal jobban élvezem azt, amit csinálok, szived joga, de attól még pont azokról a kutatókról beszélsz, akik az én barátaim, és akik nem tudnak programozni és nem is fognak, mert kutatók révén nincs szükségük rá semmilyen formában.

Nem nézem le a munkádat, mert félig én is iparban dolgozok mérnöki vonalon.

Arra értettem amit írtaam, hogy iparban elsősorban a cégednek dolgozol. Annak termeled a szabadalmakat, minden munkafolyamat azért létezik, hogy bevételt teremtsen a cég.

Még ha kutató-fejlesztő is vagy! Ezzel nincs is semmi gond, hiszen kapitalista versenysztéra... ismétlem én is pont ezt teszem.

Nem olvasod el úgy látszik figyelmesen amit írtam... ennek a munkának hol van köze a természettudományos kutatáshoz, amivel biológiai rendszerek működését értjük meg?

Mikor publikálhatod az eredményeket a világ számára? Gondolom aláírtad a titoktartási szerződést, emiatt csak a cég érdekeit képviseled és szolgálod. Egy cég alapkutatást soha nem fog finanszírozni, maximum alkalmazott kutatói vonal, de hány ilyen van?

A 250 biológus ismerősödből hányan dolgoznak iparban természettudományos kutatói poszton?

Úgy, hogy publikálhatnak is, és részt kapnak a szabadalmakból!

Szerintem ez konvergál a nullához.

Egyébként miről akarsz meggyőzni?

Arra hogy a kutatáshoz és publikáláshoz semmilyen formában nincs szükség programozásra, matematikára, modellezésre a biológiai területek nagyrészénél (csak pár kérdésem lenne: neurobiológia, kvantitatív anatómia, genetika, evolúcióbiológia, mikrobiológia számtalan képalkotással foglalkozó ága...)

Vagy arra próbálsz érveket hozni, hogy a középszerű biológus ismerőseid olyan kutatást végeznek, havi 140 nettóért...5 év tanulás után amihez rigorózusan nem kell semmiféle más tudás, csak biológiai ismeretek?

Mert én sok ilyet ismerek, és bizony teljesen jól elvannak egy állami intézetben, havi 140-180 nettóért boldogan végzik a munkát. Csak kérdés, hogy mi lesz velük 5-10 év múlva...