3 db genetika feladat megoldásában szeretnék segítséget kérni! Levezetés? Kapcsolt öröklődés, térképtávolság.

Na, ez tényleg nem az én napom, harmadjára kezdem újra a választ. :) (Kétszer már leírtam, hogy tegnap/ma minden összejött. A szerencsém kitart.)

Nem állítom, hogy jók a megoldások, de a lehetőségek között ott voltak. Elég régen számoltam utoljára hasonló dolgot, el is felejtettem. Ha tévedtem, javítson ki bárki!

Megjegyzem, a Haldane-függvényt mintha nem használná a feladat. Én is elhanyagoltam, bár ez csúnya dolog.

Itt "fordítva" gondolkozunk, mint egy átlagos kapcsoltsági-térképezős feladatnál, mivel az a gyakorlatból indul ki. Ott rekombinációs gyakoriságaink vannak és térképtávolságot számítunk, itt megfordul a helyzet.

1 térképegység (m.u. - map unit), amikor 100 meiózisból 1 ad rekombináns terméket. 1% rekombinációs frekvencia amúgy a centimorgan, tehát 1 m.u. = 1 cM, tehát ezentúl felváltva használom. Szóval ha két gén 1 cM-re van, akkor köztük 0.01 valószínűséggel keletkezik rekombináns.

A titok mindig a crossing-overek felrajzolása. Amit itt nem tudok.

1) Ha sh és bz 40 cM-re vannak, akkor a rekombináns kategóriák aránya 0,4. Hogy a növény sh_bz/sh_bz lehessen, mindkét szülőtől sh_bz kapcsolt géneket kell örökölnie. Azonban a parentális kategóriák a +_bz és az sh_+, tehát kell rekombináció.

[link]

Ennél jobb képet nem találtam. A két szélső szál a szülői kategóra, a két belső meg a rekombináns. Na, az ők összesített aránya 0,4. Mik is a rekombináns kategóriák? +_+ és sh_bz! Remek, ez kell nekünk. Vagyis az sh_bz kategória aránya 0,4/2 = 0,2 (átlagosan). Mivel két növényből kell ugyanannak jönnie, a másik esetben is 0,2. Mivel független valószínűségek, szorozzuk: 0,2*0,2 = 0,04 (E).

3) Lényegében ugyanaz, csak más számokkal. Ha repulsion van, akkor +_b/a_+ a genotípus mindkét esetben, mint az első feladatnál sh-val és bz-vel. A kettős mutáns eset a_b/a_b - megint, mint az első feladat. Csak nem 40 m.u., hanem 7,2 m.u. van - de a számítás ugyanaz. (0,072/2)^2=0,001296 (C).

2) Ha testcross, akkor igazából csak az f_g_h parentális kategória arányára vagyunk kíváncsiak (ezen a testcross nem változtat, mivel a partnertől szintén f_g_h-t kaphat csak). Mivel 50 cM-ig lehet térképtávolságokat számolni (mert az esetek max. fele lehet rekombináns), az kiesik, hogy összeadjuk a távolságokat, és majd azzal számolunk. Nézzük külön. f-g gének között az esetek 30%-a rekombináns, de nekünk a szülői kategóriák kellenek: 0,7. Ezeknek a fele f_g, tehát 0,35. g-h távon ugyanez, azaz 0,35. A két valószínűség összeadódik, így kapjuk meg az f_g_h kategória arányát: 0,35+0,35=0,7 (A).

A magyarázat elég szegényes és sokszor rosszul, hiányosan fogalmaztam. Ez talán még segít:

[link]

"Megjegyzem, a Haldane-függvényt mintha nem használná a feladat."

A Haldane-függvényt nem a feladatnak kell használnia, hanem a megoldónak. És nem, nem lehet elhanyagolni, pláne ilyen 30-40 cM távolságoknál. Az eredményeid csupán azért voltak a megadottak között, mert számoltak vele, hogy valaki mégis megteszi.

40 cM-nál nem 40/100 = 0.4 rekombinációs arány, hanem (1 - exp(-2*40/100))/2 = 0.275. Ez óriási különbség.

És természetesen a kérdező felejtse el azt a félmondatot, miszerint 50 cM felett nem lehet térképtávolság. Az, hogy ez a lineáris "közelítés" ott fut ki a függvény értelmes értékkészletéből, annak a világon semmi jelentősége. 50 cM-nál még mindig csak 0.32 a rekombinációs arány.

Ez olyan, mintha valaki azt mondaná, hogy három kockadobás után 50% az esélye, hogy dobunk egy hatost, és hat kockadobás felett pedig nincs is értelme róla beszélni, mert elértük a 100%-ot. Nem így működik. A rekombinációk száma egy adott távolságban Poisson-eloszlást követ (minden 1cM-on 1% valószínűséggel van rekombináció, a többitől függetlenül), akárcsak a kockadobásoknál (minden dobás 1/6 valószínűséggel hatos, a többi dobástól függetlenül). A Haldane függvény ezen Poisson-eloszlás páratlan kimeneteleinek az összegéből jön (0 rekombináció: együtt maradnak, 1: nem, 2: mégis, 3: mégse, stb).

Úgyogy a távolságokat a 100-zal leosztás helyett told át a Haldane függvényen és azokkal az értékekkel számold újra a feladatokat. Az kombinációs elvek jónak tűnnek #1 válaszában.

#1

A 2. feladatban (a Haldane-függvény használatától függetlenül) biztos nem 0,70 (A) a megoldás, hiszen ha nem volna rekombináció, akkor i csak 0,50 volna az fgh/fgh egyedek aránya.

"Ezeknek a fele f_g, tehát 0,35. g-h távon ugyanez, azaz 0,35. A két valószínűség összeadódik..."

Itt nem értem, miért írod, hogy a valószínűségek összeadódnak. A két rekombinációs lehetőség nem zárja ki egymást, hanem függetlenek egymástól. Így ezek a valószínűségek összeszorzódnak. Egészen pontosan (Haldane-függvénnyel nem számolva) 0,7 annak a valószínűsége, hogy nincs rekombináció fg, és annak is, hogy nincs gh között. A kettő együttes valószínűsége így 0,7^2 = 0,49. Ennyi a nem rekombináns ivarsejtek aránya, ezeknek a fele lesz fgh genotípusú, így az fgh/fgh utódok aránya 0,245.

(Haldane-függvénnyel számolva a rekombinációs valószínűség 0,226, ha jól számolok. Így számolva 0,30 jön ki nekem eredményül.)