A germán nyelvekben miért alakult ez így ki?

Mert a nyelv (mindegyik) arbitráris.

A magyarban úgy alakult ki, hogy azt a bizonyos valamit úgy nevezzük, hogy konyha. Nevezhetnénk úgy is, hogy konyh, semmiféle félreértést nem okozna. Mégse így alakult. Ez van.

Ketté kell ezt bontani, az egyik, hogy miért vannak nyelvtani nemek, a másik, hogy hogy miért vanak névelők. Vannak nyelvek, ahol nincsenek névelők (pl orosz), és ahol nincsenek nyelvtani nemek, legalábbis úgy, ahogy a németben (pl magyar). Szóval nem törvényszerű, hogy ez így működjön. A nemek valószínűleg ősibb dolgok, annak idején fontos lehetett, hogy milyen nemű élőlényről beszélünk (pl állattenyészténél), ezért ennek fontos szerepe volt. És aztán analóg módon a világ többi dolgát besorolták így vagy úgy, hogy ne legyen túl sokféle ragozás. (Amúgy vannak nyelvek 2,3 vagy 4 nyelvtani nemmel is). A névelő egy későbbi fejlemény, megkülönbözteti, hogy általában beszélünk valamiről, vagy egy bizonyos dologról, szerintem elég hasznos. A nyelvtani nemek megléte viszont kicst anakornizmus, mit pl az az angol és főleg a magyar levedlett a német (meg a holland, meg az orosz, meg az olasz stb-stb) meg nem. Ebben a modern genderőrületben nagy szerencsénk, hogy a magyarban csak egyféle ő van, ezért nálunk senki nem lesz kirúgrva vagy megbünteve, mert nem jó "ő"-t használ...

Egyébként a német főnevek neméhez elég sok szabály van, ami megkönnyiti megtanulásukat, de valóban, meg kell őket tanulni, mintha egy betűvel (r,e,s) hosszabb lenne a szó, így fogd fel.

"Nemek" vagy a főneveket felosztó hasonló szabályok nagyon sok nyelvben vannak. Az indoeurópai nyelvcsaládban ez a nemek formájában valósul meg (nem csak a németben van három nem, hanem a szláv nyelvekben is, és a latinban is volt. Azért tűnik nyűgnek a tanulásuk, mert 1. a magyarban, ami az anyanyelved, nincs, 2. az angolban, ami mindenkinek az első tanult idegen nyelve, szintén nincs. De ha már elkezdesz más IE nyelvet tanulni, akkor látni fogod, hogy van vagy kettő, vagy három nem. Érdekes kérdés, hogy a németben miért maradt meg a három, miközben a legtöbb germán nyelv már leredukálta kettőre. Ezt én sem tudom megmondani.

Ahogy az is jó kérdés, hogy mi a kategorizálás lényege egyáltalán. Valahogy mintha minden nyelvnek kényszere lenne, hogy kategorizálja a főneveket valami alapján: a magyarban, és sok más ragozó nyelvben pl. ott van a a magánhangzó-harmónia, ami szintén egy kategorizálás. (Ráadásul régebben sokkal kötöttebbek voltak rá a szabályok: régebbi magyar nyelvállapotokban csak magas és mély hangrendű szavak voltak). Ez nem jelentés-alapú kategorizálás, mint a nemek, de jelentésalapú kategóriák például a kínaiban is vannak tudtommal. Sok nyelvben, mint pl. a szuahéliben meg egészen sok kategória van: ilyenek, hogy élő dolgok kategóriája, fák kategóriája, kerek dolgok kategóriája, stb. A szuahéliben 10 ilyen "nem" (főnévi osztály) van.

Valszeg az ennek az egésznek az oka, hogy az emberek mindenhol csoportosítják az őket körülvevő tárgyakat valamilyen szempontok szerint. Csak a kategóriák térnek el. Az angol is úgy olyan letisztult most, hogy ez egy folyamat eredménye, nem ilyen volt eredetileg. Valamiért így alakultak ki a nyelvek.

Egyébként nem teljesen igaz, hogy a németben ezeknek nincs funkciója, mert egyes azópárok csak az eltérő névelőkkel vesznek fel más jelentést: der Tor - das Tor, der Schield - das Schield, der Hut - die Hut, der Flur - die Flur, vagy a kedvencem: der Band (kötet), die Band (banda, zenekar), das Band (köteg, szalag).