Helyes ez így? Csak nekem fura? Elsőre nem is értettem.

"A cikkben a mégis egy le nem írt, láthatatlan dologgal ellenkezik ..."

Mert az a "láthatatlan dolog" valószínűleg előzmény-hír a fellebbezési-kegyelmi próbálkozásról.

Csak akkor tűnik helytelennek, ha az első mellékmondathoz kötöd.

Igen, fordítva talán jobb lenne:

(Sokáig kétséges volt...) Mégis kivégezték a gyilkosságért elítélt L.M.-t, nem kegyelmezett az elnök és a legfelsőbb bíróság.

Ha a napokban mentek a hírek, hogy mennyien tüntetnek ellene, ilyesmire lehet reakció az a mégis.

Pl lehetett volna így fogalmazni, "Nem kegyelmezett az elnök és a legfelsőbb bíróság, MÉGIS kivégezték a gyilkosságért elítélt L.M.-t a közfelháborodás és a városszerte tartott tüntetések ellenére." Vagy valahogy hasonlóképp.

A félreértést a vessző okozza. Ha két külön mondatban szerepelne a két tagmondat, máris eltűnne a zavaró tényező. Azért van vessző, mert az újságcikkek címeiben, hatásvadászat céljából érdekesebben, figyelemfelhívóan hangzik vesszővel.

A többit megírták mások: nem látszik az előzmény, amivel szembehelyezkedik a második tagmondat.