A fehérjék hossza különféle élőlényekben eltérő átlagosan? Vannak ebből a szempontból komplexebb élőlények? A genom hosszával esetleg van valami korreláció?

Döncike, ez szép lett, kösz.

Kérdező: a gének és a fehérjék száma valóban korrelál. Mivel igen sok gén fehérjét határoz meg, és ritka, hogy egy élőlényben csak az "RNS-gének" száma növekedjen szignifikánsan. (Meg azok az adatok még mindig sok helyen hiányosak. Nehéz bizonyítani egy miRNS-génről, hogy az valóban aktív miRNS-t kódol.) Azonban a poszttranszlációs módosítások szerepe a komplexitással együtt ugrásszerűen növekszik, ezért van nagyjából annyi génünk, mint a kedvenc modellállatainknak, holott a proteómánk jelentősebb. Éppen ezért az "alapibb" csoportokat vizsgálva feltehetően erősebb a korreáció a gén-fehérje számban, de "felfelé" haladva ez gyengülhet.

Az interakciós térképekkel meg nehéz számolni. Hiányos adatból gyorsan fals következtetést fogsz levonni. De persze több fehérje kiterjedtebb hálózatot tesz lehetővé, amihez több gén tartozhat (azonban az alternative splicing-ot ne becsüljük alá!), tehát igen, ezek között evidens, hogy lehet valami korreláció. De ehhez több adat kéne, az interaktóma nem túl feltárt. És hiába van jó adatod pl. gén, vagy fehérje-számról, ha a PPI-network hiányos, mire fel tudnál korrelációt nézni? Jó következtetész rossz adatokból csak a véletlen miatt lehet levonni. (Meg hát azért egy interakciós térkép nem mindig kísérletes adatokon alapul, én is szívtam pár órát pl. a KEGG adatbázisával, ahol "valami cikkre hivatkozva valaki egyszer azt mondta, hogy ez és ez talán kapcsolatba lép", csak az egyik egy E. coli fehérje volt, a másikat meg búzából izolálták. Szóval az első lépés: jó, kellően feltárt, kísérletes adatokkal minden lépésében alátámasztott interakciós hálózatot kell találni. Ez pedig alig van. Talán csak a modell-élőlényekből mutatóba, de az meg nem ad statisztikai adatot.)