A japán nyelvben miért írják az i-t y-nak?

Attól függ, az eredetiben hogyan szerepel. A japán nyelvben van külön "kyo" (きょ) meg "ryo" (りょ) szótag, amit j-vel kell mondani, nem i-vel. Ha "kio" vagy "rio" lenne, akkor az már két külön szótag: "ki"+"o" (きお), ill. "ri"+"o" (りお). Sajnos a magyar nyelvben a Tokió meg a Kiotó alak honosodott meg, pedig helyesen ejtve az valójában Tókjó és Kjóto.

Ahogy az előttem szóló mondta: Tokió és Kiotó eredetileg "Tókjó" és "Kjótó", szóval ez a magyarban honosult meg tévesen. Szóval igazából mi írjuk "rosszul", nem a japán nyelv. Ha valami "i" a japánban, akkor tényleg i-vel írják, nem y-nal.

* a "Kyóto" vége rövid o, elírtam elsőre.