Ez az érv megállja az evolúció mellett a helyét?

Igen, ez egy elég fontos viszonyítási alap lehet. Vannak nagyon általános fehérjék, melyek módosulatait szinte minden klád (pl. állatok) "tartalmazzák". Ilyen pl. a citokróm-c nevű elektrontranszporter fehérje, mely nagyon általános. Az eltérésből lehet következtetni a genetikai rokonság fokára. Ezekből lehet ilyen szép filogramokat felírni:

[link]

De akár hipotéziseket is megcáfolhat ez a módszer. Pl. régebben azt hitték, hogy a gyűrűsférgek és az ízeltlábúak nagyon szoros kapcsolatbán állnak. Aztán megvizsgálták a Hox-géneket (az egyedfejlődésben fontosak, a szegmentálódást irányítják) és kiderült, hogy ez nincs így.

Mint látható makrotaxonómiai kutatásokban rendkívül fontosak lehetnek. Természetesen az evolúciót is "bizonyítja", de ezt erősnek tartom, mert az evolúció az ilyen molekuláris órák nélkül is köszöni szépen, elvan. Inkább evolúciós vizsgálatokat segít. Abban viszont remekül alkalmazható. Pláne ezekben a zavaros rendszertani időkben :) Mondjuk kihalt fajoknál általában nem alkalmazható sajnos.