A filogenetikus törzsfák mennyire ellentmondásosak?

Nem egészen értem a kérdést. Arra gondolsz, hogy a különböző törzsfák mondhatnak ellent egymásnak?

A filogenetikának épp az a lényege, hogy megpróbálják az élőlények valós leszármazását rekonstruálni. Mivel csak kevés adat áll rendelkezésre, a törzsfa nem lehet pontos. A filogenetikai módszereknek általában épp az a lényegük, hogy megpróbálják az adatok alapján a lehetséges törzsfák közül a legvalószínűbbet megtalálni (azaz a lehető legreálisabbat - nem tudom, mit értesz reális alatt, nyilván az új vizsgálati eredmények átalakíthatják a törzsfát). Ebből látható, hogy ha adott taxonok filogenetikai kapcsolatait használjuk, akkor különböző karaktereket vizsgálva különböző törzsfát kaphatunk ugyanazzal a módszerrel is. A filogenetikai vizsgálat egyik fontos lépése a vizsgálathoz megfelelő karakterek kiválasztása, de ez sokszor nem egyszerű.

Ezen kívül ha az egyes gének törzsfáját vizsgáljuk, gyakran az is eltér a gazdaszervezet filogenetikájától.

Egy-egy enzim/gén/DNS szakasz elemzésével csak pontatlanul lehet az élőlények evolúciós törzsfáját megadni. De minél több karaktert elemzünk, annál pontosabb képet kapunk. Ha 50 gént elemezve csinálunk törzsfákat, és azt tapasztaljuk, hogy jó közelítéssel mind egyezik, akkor jó eséllyel a reális törzsfát (vagy valami nagyon hasonlót) kaptuk meg.

"Mármint nagy vonalakban talán, de azokra a kapcsolatokra a filogenetika nélkül is rájöttünk volna, vagy nem?"

Ezt nem mondanám. Azt, hogy most már legalább nagy vonalakban ismerjük az eukarióták főbb csoportjainak leszármazási kapcsolatait, többek között épp a filogenetikai módszereknek köszönhetjük (természetesen szükség volt hozzá például a molekuláris módszerek fejlődésére is). Itt eredetileg épp az volt a gond, hogy a csoportok rokonsága csak nagyon távoli, illetve a korai eukariótákról alig-alig vannak fosszíliák. A jelenlegi csoportok esetében pedig a felépítésbeli, életmódbeli hasonlóság nagyon félrevezető. Például régen úgy gondolták, a moszatok egy (többé-kevésbé egységes) rokoncsoportot alkotnak. Ma már tudjuk, hogy míg a vörös- és zöldmoszatok a szárazföldi növények rokonai, addig a barnamoszatok, kovamoszatok, stb. egy teljesen más fejlődési ágon vannak. A gombák esetében is hasonló a helyzet.

Egy másik példa a bordásmedúzák esete. Ezeket sokáig a csalánozók rokoncsoportjának tartozzák, és a szövetes állatok taxonjába tartoznak (elég logikusnak tűnt, hiszen vannak valódi szöveteik). Ugyanakkor az újabb eredmények azt mutatják, hogy a szövetek náluk a többi állattól függetlenül alakultak ki (esetleg a szivacsok másodlagosan elvesztették a szöveteiket), és a fejlődésük még a szivacsokénál is korábban vált el a többi állatétól.

[link]

[link]

[link]

A hasonlóság nagyon sokszor nem jelent tehát tényleges rokonságot. Ez néha elég egyértelműnek tűnik (pl. halak - cetek), de sokszor nehéz a homopláziák, pleziomorf tulajdonságok által okozott hasonlóságokat kiszűrni. Ez különösen igaz molekuláris karakterek használatakor, és nagyon sokszor csak ezeket lehet használni.

"vannak, akik a molekuláris taxonómia eredményeivel amellett érvelnek, hogy nem lehet ezzel a módszerrel egyértelműen bizonyítani a leszármazási kapcsolatokat"

És kik ezek (már a kreacionistákon kívül)? Nyilván vannak a molekuláris taxonómiának korlátai (mint fentebb is írtam), de a legtöbbször még mindig ez a legjobb.

Itt van pár példa, hogy milyen törzsfákat ad a molekuláris filogenetika:

citokrom c törzsfa (forrás a második link):

[link]

[link]

Valamilyen dipepdidázok (nem ismerem pontosan őket) vizsgálatán alapuló törzsfa:

[link]

[link]

Persze van olyan is, hogy egy molekuláris törzsfa nem az egyedek leszármazási kapcsolatait mutatja:

[link]

Egyébként azt azért tisztázzuk (mert nem vagyok benne biztos, hogy egyértelmű), hogy a filogenetika nem feltétlen jelenti a molekuláris módszerek használatát, morfológiai karakterekkel például ugyanúgy működik. A filogenetika inkább egy szemléletmód, a rokonsági kapcsolatok feltárására (egyszerűsítve).

Annyi az összefüggés, hogy a molekuláris karaktereket filogenetikai módszerek nélkül általában elég nehéz elemezni.