Az RFLP -nek mi a lényege? A (pl. genomi) DNS -ünket egy, vagy több restrikciós enzimmel kezeljük? Miért jó ez nekünk?

Par dologra nem valaszoltam meg.

“mikor jó tudni nekünk azt, milyen DNS szakaszt köt meg az általunk vizsgált fehérje?”

Peldaul ha szeretnenk egy mesterseges DNS-t kesziteni, aminek kotnie kell az adott feherjet, ami pl lehet egy transzkripcios faktor. Rengeteg mesterseges promoter van, pl nezd meg a Tet-rendszert. Abban egy aukriota promotert egeszitettek ki egy pici prokariota eredetu DNS-darabbal, a TetR kotohelyevel. Namost ehhez pontosan tudni kell, hogy a TetR-nek mi a kotohelye, nem eleg az, hogy valahol ebben az 1000 bazisnyi szakaszban van.

De az is lehet, hogy olyan DNS-t akarunk, aminek nem szabad kotnie egy adott feherjet, de lehetoleg minden egyeb tulajdonsagaban megegyezik. Szinten fontos tudni, hogy abbol az 1000 bazisbol melyik az a 20, amitol meg kell szabadulni.

Vagy meg szertnenk mondani egy nagy adag DNS-rol, hogy adott feherje melyikhez fog hozzakotni es melyikhez nem. Ezert celszeru leszukiteni minel kisebbre azt, hogy megis melyik DNS-hez kot a feherje.

“hogyan tudják kimutatni a 21 -es triszómiát,”

Remelem kitalaltad, de a lenyeg ugye az, hogy minden kromoszomanak vannak csak ra jellemzo szekvencia darabjai. Ha tudom, hogy a 21-es kromoszomara jellemzo egy szekvencia, akkor olyan hibrdizalo probat csinalok. Normalis esetben a 21-es kromoszomabol ugyanannyi van, mint mondjuk a 20-asbol, tehat ha egy nagy sejtkupacban kekre festem a 20-ast es pirosra a 21-est, akkor ugyanannyi pottyor fogok latni. Triszomia eseteben masfelszer annyi piros lesz. Amugy meg lehet nezni egyetlen sejtmagot is.

RFLP-hez meg annyit, hogy – mint ahogy az osszes hasonlo polimorfizmus – ez valojaban egy detektalo eljaras. Minket valojaban nem igazan erdekel az az ujonnan letrejott vagy elromlott restrikcios hely, minket az erdekel, hogy A es B minta kozott van-e kulonbseg. Egy ilyen kulonbseg tevesi modszer az RFLP.

A DNS-chipet is kerdezted, de ott nem egeszen ertem, hogy megis mit akarsz megtudni. A DNS-chip eseteben a lenyeg az, hogy kulonbozo DNS-eket rogzitenek egy picike negyzetracsra. Tehat a vegen, mint a Torpedo jatekban minden ponton lesz valami (A1, A2, A3, A4… B1, B2… stb). Aztan a chiphez hibridizaljuk a mintat, ami lehet DNS vagy RNS. A minta valahogy jelolve van, pl zold fluoerszkalo festekkel. Nagyon sok alkalmazasa van, meg lehet pl nezni, hogy egy adott szovetben milyen RNS-ek vannak jelen eppen (a jelenlevok hozzahibridizalnak a megfelelo DNS-hez, igy ha tudom, hogy a hsp90 gen az F9 pozicioban van, es F9 pozicio zolden vilagit, akkor a mintaban jelen volt a hsp90 mRNS. Ami nem zold, azok a pontok nem voltak jelen.

Altalaban valamilyen cDNS-konyvtarat rogzitenek, aztan azt nezik, hogy az adott konyvtarbol mi van jelen a mintaban.

[link]

Ma mar leteznek iszonyat nagy chipek, azaz nagyon sok kulonbozo DNS fer el rajtuk.