Manapság rengeteg fehérje adatbázis van: szekvenciák,3D szerkezetek, fehérje kölcsönhatások, ugyanakkor sokkal alapvetőbb adat, például az, hogy egy adott fehérjéből szám szerint mennyi található a sejtben. Ilyen adatbázis van?

"Ilyen adatbázis van?"

Teljesen egyértelmű, hogy ilyen adatbázis nincs, és nincs is értelme.

Milyen szövet?

Milyen sejt?

Melyik kompartment?

Melyik sejtciklusban?

Milyen poszttranszlációs állapotban?

Fontos adat valóban, meg is mérik, akiknek erre van szüksége, de ebből adatbázist építeni nincs sok értelme.

"Ugyanígy van értelme ennek is, sőt enélkül a fehérje interakció igazából értelmezhetetlen, mert nem tudjuk a súlyokat."

Ez persze nem igaz, de nem baj. Az, hogy két fehérje köt, az ténykérdés. Akkor is köt, ha nem ismered se a koncentrációt, se a kötés erősségét. Te ugye még sosem csináltál semmi kísérletes biológiát?

"persze, de ha a természetben sose találkoznak, akkor nem sok jelentősége van a kísérleti adatnak most ebből a szempontból."

Mostani projektem valami olyasmiről szól, hogy bizonyos fehérjét expresszálok HEK293FT sejtekben, majd immunoprcipitációval tisztítom, és szerkezeti és funkcionális vizsgálatoknak vetem alá. Namármost komoly problémát jelent, hogy a sejtben az összes kotőpartnere rátapad, és együtt mozognak a tisztítási lépések során. Amikor tömegspektrometriás módszerrel azonosítottuk a célfehérje mellett megjelenő sávokat, azt kaptuk, hogy 4-5 már ismert kötőpartner mellett tucatnyi másik fehérje is megtalálható, amiből nyilván több eddig ismeretlen interakció. Namost ebben ez esetben se azt nem tudjuk, hogy mennyi fehérje van a sejtben, se azt nem tudjuk, hogy a interakció ereje mekkora, mégis nyilvánvalóan valódi kölcsönhatásokat azonosítunk, amiknek jelentése van.

Amúgy a kérdésedre már az első hozzászólásban válaszoltam. Te jöttél azzal, hogy enélkül az interakciós adatbázisok értelmetlenek. :-D