Az súlyozott interaktómokban (PPI network) konkrét két fehérje molekula közti kötési erősséggel arányosak, vagy ez súlyozva van a sejten belüli előfordulási valószínűséggel, azaz az adott fehérjék számával?

Ez a kérdés, így ahogy van, teljesen értelmetlen.... pl. nincs benne alany. :-)

Ha egy interakciós adatbázisra vagy kíváncsi, akkor el kell olvasni az adott adatbázishoz tartozó dokumentációt, és/vagy az adatbázist bemutató publikációt. Ilyen általános szinten, még egy értelmesen megfogalmazott kérdésre sem adható értelmes válasz, mivel minden adatbbázis máshogy épül fel.

"de direkt odaírtam, hogy a H2Y mérési technikára kérdezem!"

Mint ahogy a fenti hozzászólásodban írtad, a Y2H (és nem H2Y! :-) az egy mérési techinka, hogy aztán a módszerrel kapott adatokból (ami nagyon gyakran csak bináris: köt vs. nem köt) nagyon sokféleképpen építhető adatbázis. Sőt, az adatbázisok a legtöbb esetben nem egy módszer, hanem több alapján + bioinformatikai eszközökket felhasználva készülnek (pusztán a Y2H nagyon sok falspozitív eredményt ad).

De szerintem, amire te gondolsz (bár nagyon homályosan fogalmazol), az nem egy adatbázisra jellemző feldolgozás. Egy adatbázisban fehérje-fehérje interakciók vannak. Ha súlyoznak is, annak az lehet az értelme, hogy megmondják, hogy az adott interakció mennyire "valószínű", ami attól függ, hogy hány független módszerrel mutatták ki, mindkét irányból kimutatták-e (A köti B-t, ÉS B is köt A-t). Eleve kötéserősséget nagyon kevés kötőpárra tudunk, a fehérjemennyiség is sejttípusról sejttípusra változik.

De vegyél egy fehérjeadatbázist, és nézd meg. Mert egy konkrét példa nélkül csak levegőbe beszélés.

"Sokat ismerek, akkor átfogalmazom. Létezik-e olyan egyáltalán, amelyiknél az utóbbi áll fent?"

Azokban az adatbázisokban, amiket ismersz, mi alapján vannak az élsúlyok megállapítva? :-)