Miért úgy mondjuk, hogy Magyarországon? Miért nem Magyarországban?

Hogy mi az oka, nem tudom. Így alakult. Mindenesetre figyelemre méltó, hogy a helységnevekben is megfigyelhető ugyanez a megkülönböztetés, noha ott sem „tökéletes” a dolog. A magyar helységnevek alapvetően külviszonyragot kapnak (pl. Budapesten, Dunakeszin, Kecskeméten, Jánosházán stb.) – de persze van egy rakat kivétel, például az n-re, ny-re végződők –, a külföldiekhez pedig alapvetően belviszonyragot illesztünk (két-három kivételtől eltekintve, de azok is magyarra fordított nevek, pl. Szentpétervár, Bécsújhely).

Mert jobban hangzik.

Dehogy, fordítva: azért hangzik jobban, mert úgy mondjuk.