Két fehérje kötési energiája korrelál a kötőfelülete méretével? Ha igen, akkor van erről valami cikk?

Hát ez nem ilyen egyszerű :)

Korrelálhat, de abban esetben ha mondjuk ellentétes töltésű oldalaik léteznek (tehát poláros felszínnel rendelkeznek) és pont abban a szögben találkoznak, akkor a vonzás nyilván egyenesen arányos a felülettel, ha egységnyi felületre egységnyi töltés jut. De őszintén szólva a fehérjék nem ilyenek, a térbeli helyzetük a poláros csoportoknak eléggé szerteágazó, nem beszélve a pH függésről.

Biztos, hogy van olyan fajta empirikus összefüggés, hogy a különböző domének (tehát qvaterner szerkezetnél) kapcsolódásánál egy nagyobb kapcsolódási felszínnel rendelkező fehérjék jobban, erősebben összekapcsolódnak, de ügye ezek specifikusan "tervezett" fehérjék- szóval azok az összekapcsolódást szolgálják. De random fehérjék esetén nem hiszem h létezik ilyen konkrét összefüggés, a feladat bonyolultsága miatt.

Igen ez így van. Ennek az az oka, hogy a fehérje-fehérje kölcsönhatások erőssége nagyrészben a Van der Waals erőknek köszönhető. Ez az erő ugyan gyenge, mint a harmatos lepkefing, de az interaktáló felületekkel additív, így kellően nagy felület esetén az ionos interakcók erősségének járuléka minimális lesz (amiket először deszolvatálni is kell!!!). Meg lehet adni, hogy 1 négyzet nanométer VdW interakció mekkora energianyereséget jelent. A VdW additivitása triviális. Rákeresve magyar nyelvű oktatási anyagokra ezt találtam:

[link]

"Korrelálhat, de abban esetben ha mondjuk ellentétes töltésű oldalaik léteznek"

Sok fehérje-fehérje kölcsönhatásban nem is vesznek részt töltött csoportok egyátalán.

"(tehát poláros felszínnel rendelkeznek)"

Vannak nem töltött poláros aminosavak is arról nem is beszélve, hogy a peptidgerinc is poláros, de elektromosan semleges. Továbbá fehérjék azon felületei lesznek "ragadósak", azaz kedveltek fehérje-fehérje interakcióra, amik eleve inkább apolárosabb jellegűek. Ennek az az oka, hogy ilyen felületes esetén a deszolvatációhoz kisebb energia kell. A pH függést tök felesleges idekeverni.

"Biztos, hogy van olyan fajta empirikus összefüggés, hogy a különböző domének (tehát qvaterner szerkezetnél) "

A domének közötti interakció egy molekulán belül is jelentős kérdés, már a harmadlagos szinten!