Kezdőoldal » Tudományok » Természettudományok » Van olyan adatbázis, amiben...

Van olyan adatbázis, amiben egy-egy fehérjéről többféle módszerrel felállított 3D szerkezet is megtalálható?

Figyelt kérdés

2012. jan. 25. 09:56
 1/7 anonim válasza:

biztos,

angolul keress rá, magyarul nem hiszem, hogy olyan nagy választék lenne

2012. jan. 25. 11:05
Hasznos számodra ez a válasz?
 2/7 anonim ***** válasza:
A PDB-ben vannak a struktúrák (pdb.org), de a legtöbb fehérjéről max 1 módszerrel van meghatározva a szerkezet.
2012. jan. 25. 11:33
Hasznos számodra ez a válasz?
 3/7 A kérdező kommentje:
PDB-t ismerem, de nekem olyan kéne, akár csak pár fehérjéről, de hogy több különböző módszer adatai legyenek meg. PDB-ben nem is lehet több adat csak 1, nem?
2012. jan. 25. 17:18
 4/7 anonim ***** válasza:

Egy azonosítóhoz csak egy, de egy fehérjéhez lehet több azonosító, több módszerrel megadva.

De szerkezetet meghatározni nem olcsó mulatság, nem hiszem, hogy sok fehérjét néztek párhuzamosan több módszerrel.

Abban biztos vagyok, hogy direkt olyan adatbázis, ami a többszörös 3D szekvenciákat gyűjti, nincs.


Esetleg azt lehet megnézni, hogy amikor egy új módszert leírtak, akkor azzal meghatároztak-e néhány már leírt fehérjét a validálás kedvéért. Tehát pl az NMR-es meghatározáshoz használtak-e anno már ismert röntgenes szerkezetet a validáláshoz. Ezt csak az eredeti cikkekből tudod kihámozni.

2012. jan. 25. 19:30
Hasznos számodra ez a válasz?
 5/7 anonim ***** válasza:
PDB jó lesz. Nagyja röntgenes, de van NMR, van egy statisztikája, ahol ezeket gyűjti, hány százalék mivel meghatározott. (Főoldal, Explore Archive - Experimental Method diagram, kiírja, melyik módszerrel hány találatt dob ki.) Szerintem a ritkább módszereket biztosan meghatározták már a gyakoribbal is, szóval először azokat nézd végig. Erre persze lehetne írni egy programot (mondjuk Perlben, de ritka lusta vagyok most ilyennel foglalkozni, ez most "másik ember problémája", bocs, dögöljek meg, tudom). Külön erre adatbázis nincs, ilyen tematikus listázásról pedig nem tudok, sajnálom.
2012. jan. 25. 23:38
Hasznos számodra ez a válasz?
 6/7 A kérdező kommentje:
A legfontosabb fehérjékről azért gondolom vannak, esetleg összefoglaló cikkek is.
2012. jan. 26. 16:36
 7/7 anonim ***** válasza:

Biztos van cikk: összefoglalót, amiben konkrétan a 3D-szerkezeti meghatározó módszereket hasonlítják össze nem dobott ki az első pár oldalon a PubMed (de ezt talán vegyészeti újságokban kéne kersni), de vagy 350 találat van, talán az egyik hivatkozásában meglelni azt, ami neked kell.

A legfontosabb fehérjék esetében pedig meg kell nézni egyenként, névre rákeresve, van-e összehasonlító cikk. (Pl. a dohánymozaik-vírus burokfehérjét javaslom első körben. Meg pár élesztő fehérjét. Ezekkel találkoztam többször.)

2012. jan. 26. 17:44
Hasznos számodra ez a válasz?

Kapcsolódó kérdések:





Minden jog fenntartva © 2024, www.gyakorikerdesek.hu
GYIK | Szabályzat | Jogi nyilatkozat | Adatvédelem | Cookie beállítások | WebMinute Kft. | Facebook | Kapcsolat: info(kukac)gyakorikerdesek.hu

A weboldalon megjelenő anyagok nem minősülnek szerkesztői tartalomnak, előzetes ellenőrzésen nem esnek át, az üzemeltető véleményét nem tükrözik.
Ha kifogással szeretne élni valamely tartalommal kapcsolatban, kérjük jelezze e-mailes elérhetőségünkön!