Addig várok itt, amíg meg nem jössz. Miért így mondjuk, és miért nem azt, hogy "addig várok itt, amíg megjössz"? Az első nekem nem logikus

A nyelv nem formállogika szabályai alapján épül fel, lásd a kettős tagadást a magyar és angol nyelvben (we do not need no education).

Amúgy a te esetedben lehet adni némi magyarázatot, amíg nem jössz meg, addig várok, amikor megjössz, akkor majd örülök. És ebből az "amíg nem jössz meg, addig várok" mondatból már szórendcserével kijön, amit mondunk.

#1: Írt olyat, hogy zavarja?... :-)

#3: Igen, van benne valami: nem egyszerűen azért "jó" mindkettő, mert a nyelvben nem kell mindig logikát keresni (kettős tagadás stb.), hanem az is bejátszik a magyarázatba, hogy az "addig" szó jelentheti a végpontot is ('addig a (idő)pontig', pl. "addig az oszlopig megyek", "addig várok, amíg megjössz"), de utalhat arra az időtartamra is, amíg egy feltétel fennáll (pl. "addig üsd a vasat, amíg meleg", "addig várok itt, amíg meg nem jössz").