Én irányítom az agyamat vagy az agyam irányít engem?

Te magad vagy az agyad. Az öntudat helye az agy. A struktúra adja egyben a funkciót is, így nem különválasztható a kettő. Így nem beszélhetünk arról, hogy ki mit irányít.

Az már egy jobb kérdés, hogy vajon az anyagba a fizika törvényei szerint előre "betáplált" út maga a szabad akarat illúziója, vagy nem determinisztikus.

Tehát az agy egy golyó amit bedobsz a fajátékba, és a fizika törvényei szerint pattogva leesik a meghatározott helyre egy kezdeti állapotból. Ha pontosan(!) onnan indítanád újra, akkor ugyan oda esne. Tehát egy döntés esetében nincs szabad akaratunk, csupán a fizika törvényei szerint áll be egy állapotba a agyunk. Ilyen módon nem az agy döntött, hanem a fizika, előre determinált, meghatározott, szimulálható módon. A kvantummechanika kicsit árnyalja a képet és sok kérdést felvet. Ebbe nem mennék bele, de nem zárja ki az előre determinált rendszer működését sem.

Szerintem a szabad akarat csak illúzió, és egy bonyolult de meghatározott molekuláris folyamat eredménye. Végtére az anyag és a fizika irányít minket, avagy az agyat.

Az meg, hogy lehet-e irányítani tudatosan az agy működését. Igen lehet.

Ez egy nagyon bonyolult önszabályozó, tanuló, fejlődő rendszer ami saját magára hathat ilyen módon. Nem csak külső behatástól, hanem a saját belső világtól is meg tud változni. Tehát lényegében magát is képes szabályozni, irányítani. Még ha ez sok gátat is tartalmaz. Nem könnyű a saját elménket tudatosan befolyásolni.

Pl ne gondolj egy rózsaszín elefántra :)

Na igen, az öntudat létrejöttének bizonyítása inkább filozófia, mert tudományos szmepontból lehetetlen bebizonyítani, hogy annak a babának mikor kezdődik.

Idegrendszeri szinten esetleg lehet közelíteni.

Elvben a halak egyes fajaiban például egy feltételezés szintjén nincs. Nincs meg az az a kapcsolati háló egy primitívebb agyban, mint a fejlettebb gerincesekben.

...és igen, lehet ösztönös, reflexes idegrendszer is, amikor a részek külön-külön működnek, mint a mi gerincvelői reflexeink is, függetlenül az agytól.

A neuronokból áló bonyolult hálózat nem feltétlenül jelent öntudatot. Bár az újfent filozófiai kérdés, hogy mi is pontosan az.