Amikor a fehérje PDB adatokban szerepelnek vízmolekulák is, akkor azok kevesebben vannak, mint egy natív állapotban?

Hát ez elég béna kérdés... A jó kérdés az, hogy vajon minden atomot látunk-e a PDB file-ban, ami jelen volt a kristályban? A válasz az, hogy nem. Nem lesz minden atomról szóráskép. Csak azokról az atomokról, amik kellően stabilak, és kellően sok aszimmetrkus egységben állnak ugyan abban a helyzetben. Nos, a vízmolekulák tipikusan nem ilyenek. Többnzire csak azt a néhány vízmolekulát látni, amik a legközelebb voltak a fehérjékhez. De ezt akkor is láthatod, ha felépíted a kristályt, és láthatod, hogy két fehérje között látszólag nincsnen semmi. Ott nyilván víz, só és puffer van, de izegnek mozognak, ezért nem lesz róluk szóráskép. És természetesen van köze a kristályszerkezeteknek a valósághoz, mert egy mérés révén építik a modelt... (természetesen feltételezve, hogy a kísérletező értette a dolgát)