Ha valaki a középkorban meghal akkor ma annak a maradványait hol őrzik úgy értem van erre egy külön intézmény?

Nem, nem volt a középkorban hullaház, ha erre gondoltál.

Persze ott vannak a középkori temetők, sírkamrák, kripták, de elég sokan haltak meg úgy, például háborúban, hogy még csak el sem lettek temetve.

Dehogynem volt rá intézmény. :D Például egy ilyen:

http://www.youtube.com/watch?v=OXVpQ3MN_Qw

Maximum az egyházat tekinthetjük annak, mivel az ő feladatuk volt híveik porhüvelyének végső nyugalomra helyezése, de az előző már leírta, hogy erre sajnos gyakran nem került sor, háborúk és járványok miatt.