Cytoscape-et uninstalláltam, a directory-át manuálisan is töröltem, majd újraindítottam a gépet, de ha újrainstallálom a cyoscape-et, akkor a régi telepített plugin benne marad, miért?

Nem ismerem a progit, de tippre más mappában tárolja a plugint, így az újratelepítés után automatikusan felismeri. Manapság egyre több játék tárolja a mentéseket, beállításokat, kiegészítőket a felhasználóhoz kapcsolódó rejtett mappákban (pl Application Data, Local Settings, vagy Program Data). Arrafelé is nézz körül, hátha találsz valamit a gyártó vagy a program nevével.