Van valami haszna ha a javascriptet és a css-t külön fájlba írom?

Csak egyszer kell letöltenie a kliens gépnek, így gyorsabb lesz

Takarékosabb: nem kell a különböző oldalakra átmásolgatni a stílusdefiníciókat és a szkripteket. Ráadásul tudod ezeket az állományokat gyorsítótárazni (lásd Apache mod_expires, mod_headers), így nem kell újból betöltögetni őket, a böngésző gyorsítótárából lokálisan gyorsabban megnyithatóak - így a letöltendő adatmennyiséggel is spórolhatsz.

Elég sok. Elsőkörben, mint írtad, áttekinthetőbb, átláthatóbb, mindennek megvan a helye. Másodsorban, újra felhasználható, több oldalon is, csak be kell linkelni. Továbbá a betöltési idő is csökken, mert a böngésző cacheli a dolgokat, és nem tölti le újra minden alkalommal az egészet. Továbbá, ha egyszer valaha csapatban dolgoznál valamin, akkor nagoyn gyorsan megtapasztalnád, hogy egy csapatban az az ideális, ha egy fájlon csak egy ember dolgozik. Ez nyilván egyszerűbb, ha minden logikailag elkülönülő elemet külön fájlba raktok.