Ha egy bináris állományt binárisan egészekkel (int) olvasok be majd a számokat átváltom hexadecimális számokká akkor az már gépi kód?

Az eleve gépi kód.

Ha egy nyomtatott angol szöveget betűnként leírsz folyóírással, attól még angol lesz.

A gépi kód (ahogy az első válaszoló is írja) azt jelenti, hogy egy adott architektúra feldolgozó egysége (CPU) képes azt futtatni, azaz számára értelmes adatokat olvas ki belőle. Azt, hogy a képernyődön te ezt ASCII karakterekkel, hexa számokkal, vagy assembly nyelvre alakítva nézed az a tartalmán nem változtat.

Sőt ha 3 byte-onként beolvasod és RGB színekké alakítod egy szép képet kapsz :)