Atmega 2560-ot milyen software-el tudom működésre bírni?

Talán azért van, mert nem, jó driver van fent.

Ch340G kellene, vagy FTDI.

Ennyi infóból, amit te adtál nem lehet megállapítani.

Igen, ez egy klón. De megfelelő, az eredetivel 100 %-ban megegyező, mivel a kontroller mindkettőben ugyanaz. A klónok néha még jobbak is mint az eredeti.

Ha fent van a driver, akkor el kell indítani az arduino keretrendszert, abban pedig kiválasztani a board-ot, valamint a kommunikációs portot.

Ha ez megvan, akkor ki kell választani a példákból egy sketch-et (led blink), abban megváltoztatni a villogás frekvenciáját és kiírni a boardra.

Ennek működőképességét úgy lehet vizsgálni, hogy a boardot feszültség alá helyezed. Ha villog, akkor a board valószinűleg jó.

Ezután az általad preferált fejlesztőeszközben (atmel studio, vagy akármi más) megírod a saját progidat asm-ben és lefordítod. Ezt a lefordított file-t az avrdude.exe nevű programocskával be is égetheted a board kontrollerének flash memóriájába.

Az avrdude-ot paraméterezni kell (port cím, sebesség, stb) de erről már találsz leírást a neten. Az atmega2560 belvilágáról is, utóbbit a microchip oldaláról letöltheted.