Hogyan lehet két rendszert futtatni egy gépen?

Adott a következő probléma:

Jelenleg a gépen két SATA rack van, és külön az eredeti belső winchester. Mivel néha olyan programokat használok, amik lehet hogy vírusosak, ezért korábban gondoltam, hogy a meglévő mellé veszek még két kivehető HDD-t. Így két rendszer lenne a gépen. Az egyiken lennénk a "bizonytalan eredetű" programok, a másikon viszont a saját dokumentumaim. A probléma ott kezdődik, hogy most csak egy rendszer van fölrakva a belső HDD-re. Felmerült a dolog, hogy esetleg meg lehetne azt csinálni, hogy a rendszer marad a jelenlegi belső HDD-n, egy másik rendszert felrakok a külsőre, és amikor azt szeretném, hogy az eredeti, belső HDD-n lévő rendszer töltődjön be, akkor nem indítom el a külsőt. De a gond akkor van, amikor át akarok térni az új rendszerre (pl. ujraindítás után) ilyenkor le lehet egyáltalán tiltani, hogy a gép csak a külső "rendszert" töltse be, és a belső rendszert ne érzékelje? Annyira nem értek a hardverekhez, hogy ezt meg tudnám oldani. Ebben kérnék segítséget.