Ez a mondat miért így van?

Csak az első helyes nyelvtanilag. Ugye alapvetően a szórend angolban alany+ige (The museum is...), ami kérdésben megfordul (Where is the museum?). Viszont a te példádban a "where" nem kérdőszó, hanem kötőszó (magyarul nem úgy fordítjuk, hogy "hol?" hanem "ahol"), tehát nem fordul meg a szórend utána.

Viszont ettől még kérdésről van szó, és láthatunk is fordított szórendet: a "You (do) know"-ból lesz "Do you know". Csak ugye kijelentő mondatban a "do" opcionális, csak kihangsúlyozáskor kell használni.

"Miért nem where is the museum?"

Ez a függő beszéddé alakítás egyik sajátossága.

Változik az

igeidő

személyes évmás

mutató névmás

helyhatározó

időhatározó

szórend (erről van épp szó)

Az ilyeneket elfogadja az ember, annyi magyarázattal, hogy ők így használják.