Szakdolgozatban van egy kis gondom a forrás megjelöléssel?

Ha szóról szóra idézek valamit azt idéző jelbe teszem a végére teszek egy kis index számot és azt a lap alján kifejtem.

Ha a saját mondandóm szeretném szakirodalommal alátámasztani, vagy már más mondandójából is szedegetek dolgokat annak a végére teszek egy (1) vagy [1] -et és a végén az irodalmi áttekintésbe feltüntetem a könyveket és forrásokat ilyen módon, hogy

[1]

[3]

[4]

[5]

stb

Vagy ez a kettő egy szakdolgozatba nem lehet? Választanom kell, hogy melyik fajta forrás megjelölést választom?