Hogy készítik a molekuláris törzsfát?

Ez egy picit bonyolultabb. A mitokondriális DNS mutációs rátája elég nagy, így az kisebb időbeli "távolságokban" is használható, mint mondjuk egy konzervált fehérje génjének átlagos mutációs sebessége. Hogy egy adott gén, vagy bármi DNS-szakasz mutációs rátája milyen, arra táblázatok vannak, van, amit vizsgáltak, van, amire csak számított adatok léteznek.

A molekulráis törzsfa kb. olyan, mint egy klasszikus anatómiai megközelítésen alapuló. Vesz egyedeket, és azok hasonlóságát-különbségét próbálja számszerűsíteni valahogy, ebből távolságokat számol, majd ezt fává rendezi. Vagyis ha két egyed nagyon hasonló, akkor közelebb vannak egymáshoz (a fán is), mintha nagyon különbözőek lennének.

A molekuláris megközelítés lehetővé teszi a "csendes" változások vizsgálatát (nem minden jelenik meg fenotípusosan, ami lehet bármi, szőrszíntől kezdve a fehérje elektroforetikus mozgéonyságáig), közvetlenül a DNS-t nézik. Attól függően, milyen átfogó fát akarnak felállítani, a megfelelő bélyeget kell kiválasztani. Ha pl. nagy taxonok elválását vizsgálják, akkor marhaság egy hiperváltozékony gént nézni, mert az még egy szervezeten belül is képes változni, akkor mi lehet ekkora időskálán? Ugyanígy egy extrém konzervatív gén, ami törzsi szinten is egy-két nukleotidot változik pl. populációk közti vizsgálatokban nem alkalmazható. És így tovább, mindenhez a megfelelőt kell választani.

A mitokondriális DNS jóval változékonyabb, mint egy átlagos enzim génje, ezért alkalmasabb egyedek közti azonosításra. De erre egy másik fehérje génje is alkalmas lehet, csak az nem mutatna ki annyi változatot, illetve bonyolultabb az öröklése (a mitokondrium csak az anyától jön). Szóval ha pl. bűnözők esetén DNS-mintából azonosítást végeznek, elvégzik a mitokondriális és a nukleáris DNS-markerekre is a tesztet, mert az a biztosabb. Illetve a nukleáris DNS-ben is vannak olyan szakaszok, amik alkalmasak populációs törzsfa készítésére.

Taxonok közti vizsgálathoz ezért értelem szerint hasznosabb egy konzerváltabb gén, hiszen a minor változatok nem érdekesek, hogy most Józsi vagy Béla miben különbözik, nekünk az a lényeg, mindketten emberek.

A 95%... nem ismerem pontosan a számokat a mitokondrium esetén, de szerintem ez butaság. Bőven felette is lehet két faj. Ez csak a szokásos szignifikanciaszintre vonatkozó kitétel lehet, ami mást jelent, de lényegében egy valószínűséget ad meg a becslés pontosságára (azaz 5%-os eséllyel fenntartják maguknak a hiba lehetőségét, azaz hogy két külön fajként azonosították, holott egy).