A ligandumok a fehérje szintézis közben vagy utána kötődnek a megfelelő helyre, és ha utána, akkor közvetlenül utána vagy később?

Ligandum hogy kötődne szintézis közben? Hülye egy enzimműködés az, ami a riboszómák közelében lokalizált. Még a koenzimek is csak később, a megfelelő hajtogatódás (chaperonok!) és általában a szállítás után kötődnek fel (de lehet az, hogy szállítás közben, egy megfelelő állomáson). A ligandum mindig a működésképes enzimhez kötődik.

A ligandokat általában a kristályosítás előtt kiszedik (tisztítási folyamat része ez), ha így nem kristályosítható a fehérje, vagy a térszerkezet nem adna pontos képet, akkor liganddal együtt - de azért ez nem annyira egyszerű. Pl. a DNS-kötő fehérjék nagyját DNS-sel együtt is meghatározták, hogy lássák, hogy és hová képes kötődni. Az ilyeneket egy PDB-fájlban "other molecules" néven jelölik, ki is lehet ezeket külön jelölni. Máskor meg azért látszik ránézésre is, hogy nem csak két vízmolekula van mellette, hanem egy DNS kis árka.

Egyébként nem tudom, nem segítene a PDB-vel kapcsolatos cikkek elolvasása a munkádban? Én nem biokémikus vagyok, egyszer kellett fehérje térszerkezetet prediktálnom egyetlen fehérjéről, ami nem volt még meghatározva, szóval ez a tudás nem túl sok.

" kristályosítás során hogyan választják szét, és hogyan kapunk infót róla egy PDB file-ban?"

A kristalyositaskor nem valsztunk szet semmit semmitol. Ha valami miatt nincs szukseg a ligandumra, akkor azt a kristalyositast megelozoen, tobbnyire valamilyen kromatografias modszerrel eltavolitjuk. De eleg ritka az olyan eset, hogy a ligandum nem erdekel minket. Hiszen tobbnyire a ligandum kotott forma a biologiailag relevans.

A kotodes nyilvan poszttranszlacios esemeny. A szintezis kozben egyszeruen nincs meg a megfelelo molekularis kornyezet a kotodeshez. (persze vannak kotranszlacios aminosav modosulasok, de az nem ligandumkotodes)

info a pdb file-ban.... hm... ez attol is fugg, hogy milyen jellegu a ligandum. A nem feherje termeszetu ligandumok/prosztetikus csoportok tobbnyire HET/HETNAM/REMARKS mezoben vannak megjelolve. A csoport atomjainak koordinataja pedig HETATM token mogott szerepelnek (3S66.pdb). Feherje ligandum eseten, mint minden feherje a CMPND token mellett szerepel a ligandum neve (1IVO.pdb).