A fehérjéket csoportosítani lehet "gombolyag" azaz "fold"-juk alapján. Pontosan milyen metrikát használnak, amikor ezeket a gombolyagokat klaszterezéssel megállapítják?

Ez a kerdes nem teljesen ertelmes... Ha arra vagy kivancsi, hogy mi alapjan, vannak csoportositva a feherjek, el kell olvasni a cikket, amibe publikaltak az szerkezeti klasszifikaciot, vagy lagalabb az oldal dokumentaciojat.

Legalabb 2 fele klasszifikacio van.

A foldok motivumok, amikbol a domenek allnak, persze lehet olyan domen is, ami csak egy foldbol all. Nekem ugy tudnik, hogy ezek nem teljesen kiforrott fogalmak. A foldokat ugy lehet elkepzelni, mint visszatero szerkezeti elemek, amik gyakran megtalahatok feherjekben, annak ellenere, hogy osszesegeben a feherjek nem hasonlitanak teljesen egymasra. Nekem ez elegge empirikusnak tunik, nem tudom, hogy van-e valami egzakt definicio, ami alapjan lehet foldokat automatikusan felfedezni, azonositani feherjekben.

A domenek jobbak. Mivel a domenek definicioja valami ilyesmi: onnallo feltkeredesi egyseg, jellemzo rajuk a kompaktsag, ebbol kovetkezik a kereses definicioja: megnezzuk, hogy az egyes aminosav alegysegek hany masik minosavval vannak kolcsonhatasba, majd definicio szerint azok az aminosavak vannak egy domain-be, amik egymassal tobb kapcsolattal rendelkeznek, mint a csoporton kivuli aminosavval.

A szerkezetek illesztese egy nagyon erdekes, egzaktul nem megoldhato problema, hasonlit az aminosav illesztesre...

Minek kellenek ezek a cuccok? Biokemia vizsga? :-)