Miért nincs zöld szarvas?

Nagyon jo kerdes, es nem tudom ra a valaszt!

nem tudom elhinni, hogy az emlosok ne tudnanak, ill tudtak volna kekes-zoldes pigmentet kifejleszteni, de ennyire nem vagyok otthon a pigmentsejtek molekularis evoluciojaban. Teny, h nincsenek zold emlosok, ami lehet h eros erv, h valami eros korlatja van a dolognak.

Ja, kiveve azokat az egereket, amik fole nem kell zold neon nyil, mert zolden foszforeszkalnak a sotetben; google: GFP transgen mouse (youtube).

Persze, jo rejtoszin a barna, de azert egy kis zold beutes nyaron nem artana, nem?

Kben Biofizikus vagyok, erdeklodessel az evolucio irant (foleg molekularis szinten)

"zolden foszforeszkalnak a sotetben"

(Jajj.. biofizikusként tudnod kellene, hogy az nem foszforeszencia, hanem fluoreszcencia, és sötétben nem világít egyátalán. A GFP zöld színnel világít, amíg kék, vagy UV fénnyel gerjeszted. Mivel fluoreszcenciáról van szó, a gerjesztés megszűnésével egyidőben (szub-miliszekundumos időskálán) a fluoreszecens fény is megszűnik.)

>nem tudom elhinni, hogy az emlosok ne tudnanak, ill tudtak volna kekes-zoldes pigmentet kifejleszteni

Kifejleszteni? Az evolúció nem egészen így működik. Ha véletlenül kifejlődött volna és nem járt volna evolúciós hátránnyal, akkor valószínűleg találhatnánk egyes emlősökben kék/zöld pigmentet.

>"zolden foszforeszkalnak a sotetben"

>(Jajj.. biofizikusként tudnod kellene, hogy az nem >foszforeszencia, hanem fluoreszcencia, és sötétben nem >világít egyátalán.

uuhh, süllyedek...:) szerencsére nem ez volt a lényeg.

>>nem tudom elhinni, hogy az emlosok ne tudnanak, ill tudtak volna kekes-zoldes pigmentet kifejleszteni

>Kifejleszteni? Az evolúció nem egészen így működik. Ha >véletlenül kifejlődött volna és nem járt volna evolúciós >hátránnyal, akkor valószínűleg találhatnánk egyes >emlősökben kék/zöld pigmentet.

Ennyire nem egyszerü. Véletlenül..? Hm, fogadjunk, h találok egy common acestort amiben van valami zöld-kék szín (hüllö-madarakban van, de az nem az).

Máhogy fogalmazva: Ha az Uniprotban BLASTolnám a GFP-t vagy pár hasonló proteint, tényleg ugy gondolod, hogy nem lennének hasonlól találatok emlösben, akár a már 'silent' régiókban...? (hm, ki kéne probalni)

én arra hajlanék, hogy nem volt (elég) motivacio, hogy megérje a dolog 'árát' valamiért.

1 p alatt ezt találtam:

[link]

Re: Green mammals

by marquitosgm » Thu Mar 29, 2012 10:12 am

Yes, evolution usually works in simple ways, but understanting them is often a complex task.

However both hypotesis presented here are not mutually exclusive: mammals may have lost their ability to create green pigmentations as a result of it not being an advantegeous trait for them.

meg ezt

[link]

Fireroller

>Máhogy fogalmazva: Ha az Uniprotban BLASTolnám a GFP-t vagy pár hasonló proteint, tényleg ugy gondolod, hogy nem lennének hasonlól találatok emlösben, akár a már 'silent' régiókban...? (hm, ki kéne probalni)

Hogy őszinte legyek, egy büdös szót sem értek ebből, lehet, hogy igazat írsz, de felőlem akár hablaty is lehet, nem venném észre :)

Könnyen lehet, hogy én nem értem eléggé az evolúciót, nem vagyok szakmabéli, csak fura volt, amit írtál.

>However both hypotesis presented here are not mutually exclusive: mammals may have lost their ability to create green pigmentations as a result of it not being an advantegeous trait for them.

Ezt értem. De azt, hogy "nem volt (elég) motivacio, hogy megérje a dolog 'árát' valamiért", azt továbbra sem. Ha el tudod magyarázni egyszerűbben, örülnék. A linkeket elolvastam nagyjából, de ezt nem igazán találtam bennük.

Szóval teljes 5 perc keresés és 20 p olvasgatás után ugy döntöttem, hogy ez a tipikus "hm, franctudja" kategória. Ez nem zárja, h néhány szakembernek már viszonylag világos képe van, de a szakma nagyja még nem tud róla.

>Máhogy fogalmazva: Ha az Uniprotban BLASTolnám a GFP-t vagy pár hasonló proteint, tényleg ugy gondolod, hogy nem lennének hasonlól találatok emlösben, akár a már 'silent' régiókban...? (hm, ki kéne probalni)

------------

A testünkben sokminden fehérje(=protein), vagyis a 20 aminosav szekvenciájából felépitett óriásmolekula, aminek a kódja a DNSben van tárolva(enyhe egyszerüsítes) Gondolom a pigment is protein, és a GFP=green fluorescen protein mindenképpen az. (A GFP csak egyfajta 'színezék' aminek a DNSszekvenciáját valami medúzából szedték, és a laborban használják, ezért híres.)

Az Uniprot adatbázis az emberiség által ismert fehérjek adatbázisa (nem DNS hanem Aminosav-szekvenciák vannak benne)

A BLAST két (fehérje)szekvenciát hasonlít össze, hogy hasonlóak-e, ami kb. arra a kérdésre válaszol: evolúciós rokonok-e.

Szóval ha az ismert zöld festékfehérjék szekvenciájára rákeresünk az összes ismert fehérjék adatbázisában (Uniprot) és találunk olyan szekvenciadarabot ami 'gyanúsan hasonlít', akkor fölmerül a gyanú, hogy az egyik ösének megvolt ez a fehérje, vagy egy rokona, csak éppen ebben az evolucios faban más irányba fejlödött, vagy nem használja az organizmus.

( Különben gyakorlati okokból nem is fehérje(Aminosav) hanem DNS szinten csinálnám)

De azért ez egy elég általános bioinforatikai okfejtés, sem az emlösökhöz, sem a pigmentfehérjékhez nem értek....

>De azt, hogy "nem volt (elég) motivacio, hogy megérje a dolog 'árát' valamiért", azt továbbra sem. Ha el tudod magyarázni egyszerűbben, örülnék. A linkeket elolvastam nagyjából, de ezt nem igazán találtam bennük.

Uh, próbáltam gyorsan forditani, hogy "cost/benefit ratio". Csak valami olyasmire gondolta, hogy mindennek ára van, egy proteinnek a termelése, annak szabályozása sincs valahol 'ingyen' (mondjuk energiát fogyaszt, vagy nagyobbá teszi a sejtet), el tudom képzelni, hogy van összefüggés, hogy egy zöld szinü proteint kicsit több energia öszerakni... most csak ötletelek, de you get the idea.

Ha a Benefit része a dolognak minimális (a fenti linken vannak ötletek miért) akkor ugye...

DE tartom azt, hogy "nem tudom":)

Én blast-oltam, és nem nagy meglepetésre nem talált semmit. Az a helyzet, hogy ez nem jelent önnmagában semmit. Léteznek mindenféle béta-hordó szerkezetű fehérjék a proteomban, amiket mutálva szép lassan eljuthatnánk egy GFP-hez. De ez se jelent semmit, hiszen hol van az leírva, hogy csak GFPtől lehet egy állat zöld. Sehol. A fürgegyíkban sincs GFP. És ráadásul közelebb is van a törzsfán, elvileg kevesebb változással el lehet jutni.

Fontos ugyanakkor figyelembe venni, hogy az a változás, ami lehetséges az nem feltétlenül történik meg, SŐT, ami adaptív előnnyel járna, az se feltétlenül. Ennek megintcsak az az oka, hogy a genetikai módosulások véletlenszerűek, nem irányítottak. Hiába jönne jól a fűben élő pocoknak a zöld szín, mert akkor nem látná mondjuk a héja a levegőből, hiába lehetne eljutni oda 234 aminosavcserével, ha egyszer nem történik ilyen változás, akkor az egérkénk alaposan ráb..fázik. SŐT! Ha meg is történik, az csak egy egyedet fog érinteni! Mi van, ha az az egy egyedet éppen megeszi egy tehén, mert fűnek nézi? Ki is halt az egyetlen mutáns, hiába volt fajának nagy reménysége. Vagy mi van, ha a zöld színű egérfiúval nem akarnak szexelni az egérlányok? Hiába él kétszer annyi ideig, egy utódja se lesz.

Szóval az, hogy nem látni zöld szarvast a legtávolabbról sem jelenti azt, hogy lehetetlen, vagy hogy egy ilyen változás nem lehet előnyös.

Azért ez a miért-re nem tökéletes válasz, igaz, ilyet nem is könnyü elképzelni.

Egyrészt azt mondod, hogy a lehetséges mutációkat nem próbálja ki a természet idöhiány folytán(tul sok lehetöség)?

Ami csökkenti ennek az állításnak az értelmét, az az hogy az evolúció sztem leginkább fittness landscape csúcsokon 'szokott' mozogni, statisztikai okokból.

Nem tudom, hogy van-e elmélet, hogy ezeket tényleg hatásosan meg is kutatja a természet (ez a fittness landscape-röl lenne új információ, mivel a mutációs ráta meg a life ciklus ismert)

Magyarul, hogy egy létezö protein 'zöld' állapota 234 aminosavcserényire lenne, az nem elégséges, mert szükséges, hogy legyenek olyan közbeesö állapotok amik nem okoznak mondjuk rákot. vagy impotenciát:)

Meg aztán az amit egyetlen szóban "fitness function"-nak absztrahálunk, az rettenetesen komplex dolog.

Az egérlányokat nemtom, talán nem zavarja öket ha van egy kicsit zöldes csík a fiú haján... valaki tapasztalat? :-p

Meg, ha talál hozzá mutáns szinvak egércsajt, jó kis uj fajt hozhatnak össze, nem?

remélem ezek szerintetek is hasznos gondolatok...

üdv

Fireroller (ma 22:35)

"Egyrészt azt mondod, hogy a lehetséges mutációkat nem próbálja ki a természet idöhiány folytán(tul sok lehetöség)? "

Igen. Ez teljesen nyilvánvalóan így van.

"Ami csökkenti ennek az állításnak az értelmét, az az hogy az evolúció sztem leginkább fittness landscape csúcsokon 'szokott' mozogni, statisztikai okokból. "

Ez nemhogy csökkenti a kijelentésem valóságtartalmát, egyenesen alátámasztja. Az általad leírt jelenséget "szekvenciatér statisztikus geometriája" címen illetik. Ez maga azt jelenti, hogy nem próbál ki minden szekvenciát a természet, hanem bejár egy bizonyos utat, ami, ha eltalál egy szerencsés kombinációt, akkor király, ha nem, akkor nem. Hasonló problémába minden multidimenziós optimalizáció belefut. pl. szerkezeti biokémiai szimulációk. Sosem lehetsz benne egyészen biztos, hogy a globális minimumot éred el, csak azt látod, hogy a szerkezet belekonvergál egy energiagödörbe.

"Nem tudom, hogy van-e elmélet, hogy ezeket tényleg hatásosan meg is kutatja a természet"

Nyilván hatásosan "megkutatná" ha végtelen nagy populációméret és/vagy végtelen idő állna rendelkezésére. (Mindezt persze állandó környezeti feltételek mellett.)

"Az egérlányokat nemtom, talán nem zavarja öket ha van egy kicsit zöldes csík a fiú haján... valaki tapasztalat? :-p "

Ez egy példa akart lenni, szemléltetése annak a jelenségnek, amikor egy lehetséges, nagy pozitív tulajdonság egy olyan negatív mellékhatással is jár, ami lehetetlenné teszi elterjedését.

"Meg, ha talál hozzá mutáns szinvak egércsajt, jó kis uj fajt hozhatnak össze, nem? "

Az a baj, hogy itt a szükséges események valószínűségei összeszorzódnak. Függetlenül ki kell alakulnia a zöld tulajdonságnak, ki kell alakulni a színvakságnak, majd ezeknek az egyedeknek találkozniuk is kell... Ami persze nem kizárt, de megintcsak kis valószínűséggel bekövetkező esemény.