Az egyedül álló atomok, vagy egyéb részecskék, amikben vannak egyéb mozgó részecskék, tekinthetők-e örökmozgóknak?

1. Az elektronok nem keringenek az atommag körül. Ez a Rutherford-féle, illetve Bohr-féle atommodellben volt így leírva, amit mind a mai napig használunk, mert például a kémiában bőven elegendő a legtöbb jelenség leírásához, megértéséhez. De ez a modell régen meghaladott, sőt bizonyos esetekben a kémiában is muszáj ennél pontosabb atommodellt nézni, ha meg akarjuk érteni, hogy a különböző atomoknak milyen az elektronszerkezete, milyen módon töltődnek fel az egyes elektronpályák.

2. A proton illetve a neutron képes átalakulni, miközben más részecskéket bocsát ki. Ezek sem stabil részecskék. Például a proton átlagos élettartama kb. 10^30 év nagyságrendű. (Hozzávetőlegesen az Univerzum kora 1,4*10^10 év, ezért szoktunk ritkán látni elbomló protont, de bizonyos folyamatok nem jöhetnének létre ezen bomlás hiányában.)

"Akkor miért vannak elektronpályák?"

Ez csak egy elnevezés. Pl. van sínpálya és focipálya is, nem kell szó szerint érteni. A fogalmat értsd mögötte. :)

A másik, hogy ha egy zárt rendszerben az energia mennyisége állandó, attól az még nem örökmozgó. Az Univerzum is ilyen alapon örökmozgó, mert (amennyire tudjuk) nem ad le és nem vesz fel energiát. A veszteségi munkák is a rendszeren belül maradnak, átalakulnak más fajta energiává. Ez nem mond ellent semmilyen törvénynek.

Gyakorlati szempontból azt a rendszert szoktuk örökmozgónak tekinteni, ami a veszteségei ellenére sem veszít energiát, avagy több hasznos munkát végez kifelé, mint amennyit a környezete végez rajta kívülről. Az atom vagy a kötött elektronok sem tudnak ilyet.

"10^36 év múlva a sötét energia szétszed mindent"

Ööö, vegyük úgy, hogy ez nincs is benne a kérdésedben. :))