Van olyan vizualizáló eszköz (program), amellyel a fehérjék 3D szerkezetében az éleket súlyozottan lehet kirajzolni automatikusan?

Nem teljesen világos, hogy mire gondolsz... De a válasz a pymol lesz, ha fehérje ábrázolásról van szó.

Itt megtalálod a legalapabb vizualizációs sémákat:

[link]

Ha nem erre gondoltál, akkor próbáld meg ennél világosabban kifejeteni, hogy mire lenne szükséged.

"Hogy a kémiai kötések energia szerint vagy más súlyozás szerint súlyozottan legyenek berajzolva, pl. sötétebb vagy vastagabb él az erősebb kötésnél"

A fehérjék megjelenítésénél szinte sosem alkalmazunk "line" reprezentációt, ami a kötéseket jeleníti meg. Egyszerűen azért, mert a szerkezet túl zsúfolt lenne, amit mondjuk többszáz aminosav atomjai között lévő több ezer kötés van. Tudtommal az általad keresett megjelenítési módot egy fehérjeszerkezet ábrázoló program sem támogatja, mivel biológiailag meglehetősen irreleváns. Viszont van ilyen opció a Gaussian programcsomagban, ami kvantummechanikai alapokon kiszámolja az atomok közötti kölcsönhatások erősségét, majd ábrázolja. De szinte kizártnak tartom, hogy egy közepes méretű fehérjével elboldoguljon a program a nagy számítási igény miatt.

De mire kell ez neked?