Hogyan álljak neki egy nagyobb portálnak?

Használj egy MVC framework-öt.

pl. Kohana/Laravel/Symfony

Megint egy aranyos kérdés... :-)

Tudok mindenben programozni, de nem tudom, hogy hívnak... :-)

Ha van rengeteg terved, meg állítólag tudsz mindenben programozni (mellesleg az AJAX az nem programozási nyelv, hanem egy JavaScript lehetőség)... ...a JQuery-t meg olyanoknak találták ki, akik JS-ben is lusták megírni valamit is... :-)

Általában az "index.html", vagy az "index.php" a főkönyvtárban van, és ezekszerint az a nagy égető problémád van, hogy hogyan használj fel egy .css állományt, ami egy alkönyvtárban van.

Röviden: relatív hivatkozással!

[link]

Amit látható is a fenti oldalon, ha például egy "mycss" alkönyvtárban van, akkor így módosul:

<link rel="stylesheet" type="text/css" href="mycss/mystyle.css">

Egy nagyobb portál kialakításához elengedhetetlen, hogy egy olyan tartalomkezelő rendszeren alapuljon, ami ki tudja szolgálni az igényeit.

Ha nincs saját mvc keretrendszered, akkor használj egy meglévőt (laravel, phalcon, codeigniter,...), és azzal alakíts ki egy tartalomkezelő motort a weboldalhoz.

A szerkezeti tervezésnél talán az adatbázis tervezése a fontosabb. A legfontosabb adatkapcsolatokat és struktúrát fel kell térképezned, és papíron megtervezned, enélkül csak káosz lesz az oldal.

A kérdésedből úgy látom, hogy az mvc fejlesztési struktúrába még nem merültél el, ezért azt javaslom mielőtt bármilyen munkába belekezdesz tanulmányozd a modell-view-control felépítést. Rengeteg tutorial van a neten (akár a youtubeon is).