A markdown hogyan működik?

"És ha én egyéb esetben is kapcsos zárójelet akarok használni, utána zárójelben valamit, akkor azt is linknek érzékelné. "

Ezért kell legalább a kezdő szögletes zárójel (a Markdownban a szögletes zárójel tartalmazza a link URL-ét) elé egy \-t tenni (mint más nyelvekben az escape-elés).

"#szöveg pl. a H1-nek felel meg ha jól tudom. De ha van egy hashtag a szövegben, akkor abból is h1 lesz?"

A sor eleji kettőskereszt nyitja a <h1> taget és a sor vége zárja (</h1>). A közte levő # ki lesz írva.

"Úgy gondolom ez sem tökéletes megoldás az adatbázis kiváltására."

Mert ez nem is arra szolgál. Ez egy leírónyelv, mint a BBCode.

"Van még egyéb alternatíva, ami nem sql, csc?"

csc helyett gyanítom csv-re gondoltál. ;)

Ott vannak a különböző NoSQL-implementációk - MongoDB, CouchDB, Redis, stb...