Joomla-hoz szeretnék templatet készíteni, hogyan tudnám lekérni az index. Php-ba, a főmenü elemeket, hogy formázhassam őket?

Formázást css-ből kellene megoldani. A menü kezelőben elemenként rakhatsz a pontokra class-t vagy a menü megjelenítő modulnak is adhatsz osztály utótagot. Ezekkel nagyon pontosan be lehet állítani.

Vagy ha más irányból közelítenéd, használj valamilyeb beállítható menükezelőt, pl SwMenu