Amikor eclipse-be egy sima tömböt akarok feltölteni számokkal miért ír ki csupa nullákat?

Ez nem tömb, hanem egy mátrix.

Miért mit kéne kiírnia?

Nem töltöttél fel semmit, csak létrehoztad a mátrixot (üresen), majd kiírattad a 0-kat belőle.

Figyelj, a méretet be tudtad olvasni Scanner-rel.

Használd ezt a Scannert arra, hogy beolvasd az értékeket, és a beolvasott számot add értékül a mátrix [i][j] indexű elemének.

#6 vagyok, most látom, mit szeretnél látni a mátrixban.

A mátrixot bejáró ciklusodban adj értéket a mátrix elemeinek. Amit te szeretnél látni, kiszámítható i,j és db segítségével.

"C-ben így tanultam amúgy, javaban ez miért nem jó?"

Azt kétlem, hogy C-ben mágikusan tudta a tömb, hogy mit akarsz neki értékül adni.