Java progi fut az Eclipse ablakában, de workspace könyvtáraiban lévő . Java nem fut?

A *.java nem futtatható állomány, tehát az nem is fog futni.

A *.java fájlok előbb lefordulnak *.class-ra, és azokat futtatja a JVM.

Nos, egyrészt az előző hozzászóló a dolog lényegét elmondta. Másrészről, a projktre rákattintasz jobbal -> Export... -> Runnable JAR ...

Végeredményképpen kapsz egy JAR fájlt, ami pontosan úgy futtatható, mint egy EXE Windows alatt. Ha valamiért mégsem szeretné, még mindig futtatható parancssorból a "java -jar jarFajlNev.jar" paranccsal.