Létezik olyan szoftver, ami szkennelés után felismeri, hogy mely jelölőnégyzetek vannak kitöltve (tollal)?

A kérdésedben ott a válasz: "a lottónál is van ilyen"

Tehát van. ;)

De az esetek jelentős részében gyorsabban beviszed a válaszokat kézzel, minthogy beszkenneli az otthoni eszközöd.

A pozícióját nézi.

Azaz a kockát össze hasonlítja az üres mintájával.

Ha az jelentősen eltér, akkor be van jelölve.

De gyorsabb kézzel feldolgozni, mint megírni hozzá a script -et, ami feldolgozza a scannelt részt.

Auto Multiple Choice azt hiszem ilyen program.

Én még nem használtam, de a tanaárom így intézte a zárthelyiket, ő mondta régen, hogy ezt a progit használta.