Milyen programot kell használni az Ubuntu karbantartásához?

Nagyon semmilyent. A lemezt automatikusan ellenörzi időszakosan. Telepítés/eltávolítás Synapticból történjen, így az árva csomagok/függőségek is jönnek-mennek.

Nagytakarításhoz lényegében elég a home könyvtáradban takarítani, és ezt a triót használni,terminálban:

sudo apt-get autoremove --purge

sudo apt-get autoclean

sudo apt-get clean

Más teendőd nincs :) használd egészséggel!