Miért van az, hogy ha több vírusirtóval átnézem e rendszert, mindegyiknél full mély keresés, akkor az átvizsgált fájlok mennyisége nagyban eltérnek?

Azért mert mondjuk az egyik gyorsabban vizsgál mint a másik vagy mert az egyik olyan fájlokat is átvizsgál amit a másik nem.

Igen, lényegében minden fájl átvizsgálódik de minden anti-virus máshogy vizsgál, illetve a windows elég komplex rendszer ezért nehéz megfogalmazni a "minden fájl" jelentését, vannak ideiglenes fájlok is és vannak olyanok amiket bizonyos vírusírtók fölöslegesnek találják átvizsgálni mert ott úgysem talál semmit viszont van amelyik azt is átvizsgálja a teljessėg kedvėért.