Pendrive-os linux telepítőre lehet egyéb file-okat másolni anélkül, hogy a telepítőben hiba keletkezne?

Egyszer volt rá példa, akkor nem kavart be semmit. Elméletileg nem is okozhat problémát.

A telepítők azokat a mappákat és fájlokat olvassák be, amik a telepítési lépésekbe be vannak programozva. Az, hogy a telepítő adathordozó ezek mellett milyen más mappákat vagy fájlokat tartalmaz, nem lehet rá hatással, hiszen figyelembe sem veszi. Egy dologra kell figyelni, hogy azok elérési útja és neve ne ütközzön a telepítési tartalommal (de ez azonnal kiderül, hiszen a már létező fájlütközésre figyelmeztetni szoktak a rendszerek, és megkérdezik hogy felül akarod-e írni).

Én szoktam rá pakolni, sosem volt baja tőle.

Lehet. Hozzál létre erre a célra egy mappát és abba másolgass.