M.2 SSD-t kell inicializálni egy működő rendszeren, vagy csak kicsomagolom, beszerelem, és lehet is telepíteni rá a Windowst?

Nem kell semmit, a telepítő elintéz mindent.

Semmit nem kell. Általában a telepítőben rámennek a fizikai meghajtónál, hogy "Új" és létrehozatják, de igazándiból még ez sem kell. Csak a fizikai (partíció nélküli) tárolót kijelölöd és "telepítés" és megcsinál mindent magától. (Már ha nem akarod a tárolót több részre osztani.)