Gond, ha az alaplapom támogatási listáján nincsen rajta az adott m.2-es SSD?? És milyen problémákat okozhat ha nincsen rajta a listán?

Szerintem nem gond.

Abból a szempontból gond, hogy nem tudsz bele m.2 SSD-t rakni, aminek az írási és olvasási sebessége többszöröse a SATA3 SSD-knek.

Attól függ, hogy SATA vagy NVMe a port és az SSD. A legtöbv m.2 port tudja mindkettőt, de a SATA feltétrlekhez kötött. Intel alaplapoknál egy SATA portot lekapcsol, AMD alaplapoknál pedig APU meglétéhez kötött, klasszikus CPU-val nem működik. NVMe esetén nincsenek ilyen szabályok, ha az alaplapra azt írják, hogy támogatja az NVMe-t, akkor bármilyen NVMe SSD belemegy, max nem tudja kihasználni a teljes sebességét.