Pályázatot írok és érdekelne, hogy az Intézmény szót nagy/kis betűvel használjam-e? Mivel ezzel minden esetben visszautalok az intézményre amelyben dolgozok.

Amikor először leírod, hogy XY Intézmény, akkor írd utána zárójelben, hogy "a továbbiakban: Intézmény", ekkor tudni fogják, hogy ha leírod, hogy Intézmény, akkor te az Xy Intézményre utalsz (és mivel akkor nagy I-vel írod, ezért a továbbiakban is úgy kell írnod (meg egyébként is így szokás)).