Ha letöltöttem az msi afterburnt és állítgattam a ventilátorokat vele és utána letöröltem utána a windows fogja magától kezelni a ventilátorokat?

Nem, induláskor az MSI AB mindig betöltődik (legalábbis betöltődött, amíg le nem törölted), és átveszi az op rendszertől a grafikus kártyával kapcsolatos beállításokat. Amiket átállítottál, az új beállítási értékeket az AB program tárolta, a letörlése után a rendszer az eredeti értékeket látja.