Valaki eltudná magyarázni?

Az egész azzal kezdődik, hogy Rico és Sev barátaink a levegőbe küldik Helghan-t, mindent elborít a Petrusite (ez a különösen veszélyes radioaktív anyag és annak a ködje. Helghan népe a helghastok csak egy kis része éli túl ezt a támadást, köztük a néhai helghast fejedelemnek Scolar Visarinak a lánya Hera, aki, ha lehet, még az apjánál is jobb szónok kellett, hogy legyen, hiszen meg tudta győzni a Vekta bolygó veztőségét, hogyha ti vagytok a felelősek bolygónk elpusztításáért, kötelesek vagytok helyet biztosítani számunkra a bolygótokon. Ennek eleget tettek a vektaiak, és itt alakul meg Új-Helghan. Új-Helghant és Vektaváros egy fal választja el, hasonló, mint a berlini kőfal volt a hidegháború idején. Hera Visari már nem vall olyan náci eszméket, mint az apja, békét akar, viszont kényszerhelyzetben van: a helghast nép egy katonanemzet, és sok helghast mással nem is igazán foglalkozik, mint a katonáskodással: ezért kénytelen védekező politikát folytatni.

Mintegy 30 év telik el, és Michael Kellan át akar hatolni a falon ötéves fiával, Lucas-szal Michael-t lelövik a helghastok, Lucast viszont megmenti Michael egykori bajtársa Thomas Sinclair. Sinclair árnymarsallá képezi ki Lucas-t ( a főhőst, akivel vagy), és innen indul a cselekmény.

Aztán a politikai helyzet robbanáspontig forrósodik a vektaiak és a helghastok közt, és Kellan is helghast hadifogoly lesz, ám egy fogolycserével kiszabadul. Akire kicserélik, az nem más , mint a helghastok árnymarsallja, Echo, polgári nevén Maya Visari, Hera Visari kancellárasszonynak a félvér leánykája. Hogy törvényes lánya-e , vagy balkézről született, vagy szexuális erőszak eredménye, nem tudni.

Ezután Kellan találkozik Sinclair-rel, és azt a feladatot kapja tőle, hogy vigyen el titkosított adatokat Helghan falain kívülre, majd az ISS cassandra kutatóhajóra küldi, hogy semmisítse meg azt a biológiai fegyvert, amit a Cassandra hajó legfőbb kutataója Dt. Hillary Massar fejlesztett ki. Massar doktor elég elborult agyú nőszemély, aki Jorhan Stahl-nak, a helghastok legfőbb fegyvergyárosának dolgozik. Ez a fegyver arra jó, hogy kiirtsa az embereket, de még az olyan félvéreket is, mint Echo. Végül is Kellan úgy semmisíti meg a biológiai fegyvert, hogy magába a napba irányítja a hajót. Echónak sikerül kimentenie Massar-t a hajóról.

Ezután a VSA (a vektai védelmi szervezet) főhadi szállását nagy robbanás rázza meg, számos katona és civil az életét veszti. A tettet egy magukat Fekete Kéznek nevező paramilitáns terrorszervezet, és annak vezetője Vladko Tyran vállalja magára. Akkor a helghast civileket áttelepítik a vektai oldalra, Kellan-t pedig azzal bízza meg Sinclair, hogy mérje be, merre rejtőzik Tyran. Kellan meg is találja, és akkor tudja meg, hogy Tyran is a vén róka Jorhan Stahl-nak dolgozik, és az lett volna a feladata, hogy irtsa ki a Massar által kifejlesztett biológiai fegyverrel az embereket és a félvéreket. Ne, sokkal ezután Kellan ismét fogságba kerül.

Kellan-t végül is Echo szabadítja ki a cellájából és a kegyetlen fősmasszertől Anton Saric-tól, és akkor lesz egy veszekedése Echónak Lady Visarival, és akkor derül ki, hogy Hera Visari az anyja, és Echo felelősségre is vonja az anyját azért, mert ő is Stahl-nak a bábja. Végül is Stahl fegyverei juttatták hatalomra. Echo azonban tiszteli az anyját, hiszen ő teremtett a népének viszonylag nyugodt életet a Vektán. Kellan Echo segítségével visszatér a fal vektai oldalára, Echo viszont arra kéri kellan-t, hogy győzze meg a VSA vezérkarát, hogy kössenek fegyverszünetet (egyébként Echo is békét akar).

Sinclair azonban nem akar békét kötni, mi több megharagszik Kellan-ra, amiért az ellenséggel paktál . Ad is neki egy új küldetést: hozza vissza Dr. Massar-t a Helghan bolygón túli bányászati szférából. Kellan meg is találja Massart, aki elmagyarázza, hogy a biológiai fegyver most már Stahl-nál van, és kész a végső tesztelésre. kellan Sinclair parancsára őrizetbe veszi Massart. Ekkor érkezik meg Echo, és megöli Massart. Most már mindketten (mármint Kellan és Echo) árulóknak számítanak népük körében, és csak egymásra számíthatnak . Így elhatározzák, hogy megállítják Stahl-t.

Kellan megérkezik az elpusztult Helghan-ra, Stahl bázisára, ahol a vén fegyvergyáros döglik létfenntartó készülékekre kapcsolva, hiszen Orlock admirális 30 évvel ezelőtt súlyosan megsebesítette a hatalomért való harcban (lásd: Killzone 3). Kellan ekkor találkozik Tyran-nel, és Kellan őt is megöli. Ezt rádión jelenti Sinclair-nek, és figyelmezteti Sinclair-t , hogy ne küldje Stahl-ra az ISA haderjeét. ennek ellenére Sinclair ráküldi Stahl bázisára az ISA-t, Stahl aktiválja a Massar által kifejlesztett fegyvert, és egy csomó ISA hajó megsemmisül. Kellan és Echo kimaradnak a káoszból.

Végül Kellan belép arra a helyre, ahol Stahl van lélegeztetpgépekhez kötve, és Stah elmagyarázza , hogy a gyengénk pusztulnia kell, és itt az ideje, hogy a vektaiak is elpusztuljanak. Ekkor lép be Sinclair, kinyírja Stahl-t, aztán Kellan-t is megsebesíti. Sinclair ráteszi a kezét a biológiai fegyverre, és megállapítja, hogy így a helghast fenyegetésnek örökre véget lehet vetni. Bocsánatot kér Kellan-tól, majd megöli.

Az utolsó jelentben már Echo szemszögéből látjuk a világot, és látjuk, hogy Sinclair beszédet mond a vektaiaknak, és háborúba hívja őket a helghastok ellen. Echo ekkor megorgyilkolja Sinclair-t, hogy elejét vegye egy új háborúnak, meg aztán bosszúból Kellan haláláért.