Vettem egy külső szűrőt az akváriumomhoz és az nem baj hogy az akvárium mellé rakom nem alá?

Nem baj, sőt - kevesebbet kell dolgoznia, erősebb lesz a szűrő.

amikor beindítod, könnyebben beindul ha alatta van, amíg a csőben még nincs víz, utána ha már megtelt a cső is vízzel akkor már bárhova lehet tenni.

Hát szerintem nem jó mellé tenni. A külső szűrőnek nincs szívó hatása, csak nyomóereje. Ha nem zúdul folyamatosan megfelelő sebességgel a tartályba a víz, annak nem lesz jó vége. A szűrő teteje minimum az akvárium alapüvegével egy szinten legyen, és ne feljebb.